Друг вид са автоматичните магнитни сепаратори. Този тип е с по-големи размери и следователно е по-издръжлив, което го прави подходящ за обработка на по-големи количества материал, например при сортиране на руда в минната промишленост.

Сухите магнитни сепаратори работят със сух материал, като например руда или насипен материал, като например пясък, камък, брашно, руда, сол, зърно и др. Тези сепаратори често се използват в хранително-вкусовата промишленост за отстраняване на метални замърсители от хранителни продукти, което е от решаващо значение за поддържане на безопасността и качеството на храните.

Мокрите магнитни сепаратори са друга категория устройства, които използват магнитни полета, за да отделят магнитно чувствителни материали от други материали. В този случай обаче процесът на разделяне се извършва с помощта на течни среди, като вода или други течности. Мокрите магнитни сепаратори често се използват в промишлени приложения, като например в минното дело за извличане на ценни метали от руди и други скали, или при обработката на отпадъци за отделяне на магнитно чувствителни материали от отпадъчни потоци.